Luật Thanh tra năm 2004 lần đầu tiên đưa ra các khái niệm và định nghĩa về thanh tra, trong đó đã có sự phân biệt hai loại hình thanh tra chủ yếu là thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành.
Luật Thanh tra cũng phân biệt hai loại cơ quan thanh tra : Thanh tra được tổ chức theo cấp hành chính (Thanh tra Chính phủ, Thanh tra cấp tỉnh, Thanh tra cấp huyện) và thanh tra theo ngành và lĩnh vực (đảm nhận cả chức năng thanh tra hành chính và chức năng thanh tra chuyên ngành). Tuy nhiên, sự phân biệt này nhìn chung vẫn chưa đủ rõ. Thực tế trong thời gian vừa qua, Thanh tra Chính phủ cùng với các tổ chức thanh tra nhà nước khác đã tiến hành những cuộc thanh tra lớn về các dự án đầu tư công trình giao thông, hoạt động của Ngân hàng Nhà nước, hoạt động của các ngân hàng thương mại ngoài quốc doanh, việc quản lý và sử dụng đất đai nhưng để phân biệt các cuộc thanh tra này là thanh tra hành chính hay thanh tra chuyên ngành là rất khó.